Validation d`une méthode de génotypage moléculaire pour les variétés fruitières

Le génotypage assisté par microsatellite pour l’identification de cultivars est une méthode désormais couramment employée et validée chez les plantes cultivées. Il existe différentes variations autour de cette technique qui peuvent parfois différer fortement au niveau de la charge de travail et du rendement obtenu. Nous avons développé une méthode robuste et efficace que nous utilisons avec succès depuis plusieurs années dans notre laboratoire. Le but de ce projet était de tester la performance de notre méthode dans un autre laboratoire et de comparer les résultats obtenus dans les deux conditions. Nous avons pu démontrer que cette méthode pouvait être facilement mise en place dans un autre laboratoire et qu’elle délivrait des résultats identiques. Nous avons obtenu une corrélation générale hautement significative entre les deux systèmes d’analyse (R2 = 0.9993). Comme attendu et malgré la forte corrélation, nous avons obtenu des différences au niveau des temps de migration pour les fragments de gènes individuels (allèles). Cependant, ces différences ne sont importantes que si aucun cultivar standard n’est connu/utilisé lors d’une analyse comparative. Nous avons donc développé une méthode afin de résoudre ce problème. Nous comparons la somme des différences de migration absolues entre le cultivar test et des cultivars présents dans une base de données pour tous les allèles. Si le cultivar standard est présent dans cette base de données, sa déviation par rapport au cultivar testé sera minimale. Le cultivar standard candidat ainsi identifié sera alors utilisé en comparaison directe. Cette méthode permet ainsi une identification non-ambigüe d’un cultivar test même en présence de déviations de résultats systématiques mais modérées entre différents systèmes d’analyse.