Adaptation de la méthode de détection des maladies bactériennes de la pomme de terre

Les maladies bactériennes peuvent grandement affecter le rendement de la production de pommes de terre.
La méthode de détection de ces maladies, utilisée en Suisse jusqu’à présent ne permet pas de répondre à la demande croissante de tests. Agroscope met en place de nouvelles solutions.

Les bactéries phytopathogènes Clavibacter sepedonicus (Cs) et Ralstonia solanacearum (Rs) provoquent la pourriture annulaire et la pourriture brune de la pomme de terre, qui sont deux maladies de quarantaine susceptibles d’affecter grandement la productivité de sa culture.
Ces maladies font partie de la liste de quarantaine en Suisse, qui vise à prendre des mesures drastiques pour contenir les pathogènes les plus menaçants. A l’heure actuelle, le pays est exempt de ces deux maladies.

Depuis janvier 2020, le nombre d’échantillons à tester a fortement augmenté en raison du renforcement de l’ordonnance sur la protection des végétaux. La méthode utilisée basée sur la microscopie d’immunofluorescence n’est pas assez rapide et n’est plus adaptée au volume d’échantillons.

Une méthode alternative permettant le dépistage initial des bactéries de quarantaine a été mise en place par Agroscope en 2021. Cette analyse est basée sur une technique moléculaire (qPCR). Ce protocole a été comparé aux performances de la méthode de détection par microscopie d’immunofluorescence. Les résultats montrent qu’il n’y a pas de différence de sensibilité entre les deux méthodes. En revanche la qPCR permet le traitement simultané d’un plus grand nombre d’échantillons.
La mise en place de cette méthode permettra à la Suisse de répondre à la hausse des besoins liée à l’intensification de la surveillance du territoire.