Lutte contre les nématodes cécidogènes des racines: un nouveau test de dépistage pour identifier les antagonistes bactériens

Le nématode cécidogène des racines Meloidogyne incognita cause des dégâts non seulement dans les cultures en plein champ, mais aussi sous serre. Les chercheuses et chercheurs d’Agroscope ont développé un nouveau test de dépistage pour identifier les bactéries capables de lutter contre ces ravageurs.

Les nématodes phytoparasites sont d’importants ravageurs agricoles contre lesquels il n’existe aujourd’hui pratiquement plus de produits phytosanitaires autorisés. Le nématode cécidogène du sud Meloidogyne incognita est un nématode phytoparasite présent dans le monde entier, qui cause des dégâts considérables dans nos régions tempérées, surtout dans les cultures sous serre. Les nématodes pénètrent dans les racines de la plante à leur extrémité et provoquent la formation de galles dans le tissu racinaire (fig. 1).

Des antagonistes bactériens pour remplacer les nématicides chimiques

Les nématicides chimiques sont strictement réglementés ou ne sont plus autorisés en Suisse. Un nouveau test de dépistage pour les bactéries antagonistes de M. incognita devrait permettre d’identifier des isolats bactériens prometteurs pour une gestion intégrée de ce ravageur à l’avenir.

Dans le nouveau test de dépistage, les nématodes poursuivent le processus naturel d’infection dans la racine après le traitement avec les bactéries. Contrairement à la pratique traditionnelle, l’activité antagoniste est ainsi évaluée sur la base de la formation de galles racinaires sur une plante indicatrice et non pas avec la mobilité des nématodes de manière visuelle au microscope. Cela devrait permettre de mieux évaluer le potentiel antagoniste et de faciliter l’identification de souches bactériennes appropriées.

Structure du test de dépistage pour les isolats bactériens

Un mélange de nématodes et d’un isolat bactérien a été incubé pendant trois jours dans de l’eau à 20°C dans l’obscurité. Après l’ajout d’un mélange de terre et de sable de quartz, un jeune concombre (Cucumis sativus cv. Sprinter F1) de trois jours a été planté. L’évaluation de la formation des galles racinaires du concombre a été effectuée après trois semaines de croissance (fig. 2).

Sélection d’isolats bactériens suisses efficaces contre les nématodes

44 isolats bactériens suisses de racines de betterave rouge ont été testés avec cette nouvelle méthode de dépistage. Cinq isolats bactériens 102, 105, 108, 119 et 157 ont montré à plusieurs reprises un effet antagoniste contre M. incognita. Ces souches bactériennes ont ensuite été testées en serre dans différentes conditions de sol.

Des bactéries sélectionnées pour l’application par plants mottés

Les bactéries sélectionnées ont été particulièrement efficaces dans une application par plants mottés de concombres cultivés dans de la laine minérale. Quatre des cinq souches ont entraîné une réduction significative de la formation de galles racinaires.

Essais et analyses complémentaires

Les souches bactériennes qui ont obtenu les meilleurs résultats dans les essais, Pseudomonas spp. 105 et 108, ont également été testées dans différents essais en pots pour déterminer leur potentiel de lutte contre M. incognita. Indépendamment de la méthode d’application, les deux souches ont nettement réduit la formation de galles racinaires. Afin de mieux identifier les souches et de pouvoir les caractériser ultérieurement, leurs génomes ont été entièrement séquencés et annotés.