Une nouvelle espèce bactérienne identifiée comme responsable du défaut du fromage «putrificus»

Agroscope et son homologue italien le CREA (Consiglio per la ricerca in agricoltura e l’analisi dell’economia agraria) ont décrit une nouvelle espèce de bactérie, Clostridium caseinilyticum sp. nov., isolée de fromages présentant le défaut de qualité «putrificus», ainsi que d’ensilages. Ce travail éclaire l’origine des défauts de certains fromages et peut conduire au développement de méthodes de prévention.

Plusieurs espèces de Clostridium sont responsables de pertes considérables dans l’industrie alimentaire. En particulier, certains fromages à pâte dure ou extra-dure présentent occasionnellement un défaut d’altération putride de la pâte nommé „putrificus“, parfois responsable de pertes importantes. Des chercheurs d’Agroscope et du CREA ont caractérisé une nouvelle espèce de bactérie anaérobie obligatoire, sporulée et mobile, isolée à partir de fromages présentant ce défaut ainsi que d’ensilages. La nouvelle espèce a été nommée Clostridium caseinilyticum sp. nov. Bien que distincte, cette nouvelle espèce a longtemps été confondue avec Clostridium sporogenes, qui était tenue pour responsable du défaut «putrificus».

Clostridium caseinilyticum sp. nov. isolée à partir de différentes sources

La souche-type de la nouvelle espèce, FAM 1755^T, a été obtenue en 1983 d’un Emmental suisse présentant le défaut «putrificus». Les deux autres souches étudiées, CREA 4990 et FAM 27665, ont été isolées respectivement en 2022 et 2012, la première par nos partenaires italiens à partir d’un Grana Padano présentant le même défaut, la seconde à partir d’ensilage suisse. Ce n’est que récemment que l’on a remarqué que ces isolats, jusque-là attribués à l’espèce Clostridium sporogenes, forment en réalité une espèce distincte.

Description de la nouvelle espèce bactérienne

Les cellules en forme de bâtonnets et Gram-positives de FAM 1755^T mesurent entre 3 et 4,5 µm de long et entre 0,7 et 0,9 µm de large. L’étude des liens de parenté (au moyen de l’analyse des séquences du génome complet et du gène 16S rRNA) place ce nouveau taxon à proximité de Clostridium tepidum DSM 104389^T et de membres du groupe I de Clostridium botulinum, tels que Clostridium sporogenes DSM 795^T. La nouvelle espèce se développe dans une plage de température légèrement plus basse (20–40 °C) que C. tepidum et C. sporogenes, et elle est plus tolérante au sel que C. tepidum. Bien qu’elle soit génétiquement plus proche de C. tepidum, ses préférences de croissance ressemblent davantage à celles de C. sporogenes, une espèce qui se développe également dans le fromage dans des conditions similaires et avec laquelle elle a longtemps été confondue. Contrairement à C. tepidum, la nouvelle espèce hydrolyse systématiquement les protéines du lait, une propriété associée à la détérioration du fromage. Nous proposons donc le nom Clostridium caseinilyticum sp. nov., ce qui signifie «Clostridium qui décompose la caséine».

Prévenir plus efficacement les défauts du fromage à l’avenir

Un dépistage des clostridies protéolytiques dans le lait cru pourrait permettre d’éviter que cette espèce n’accède à la chaîne de transformation via le lait. Le respect de bonnes pratiques d’hygiène et de production contribue également à minimiser le risque de détérioration du fromage pendant l’affinage. La description de cette nouvelle espèce ouvre la voie à des études plus approfondies sur les conditions favorisant ou inhibant sa croissance dans le fromage, ainsi qu’au développement de mesures de prévention adaptées pouvant être appliquées lors de la production et de la transformation laitières.